1. Az Olasz Korona Lovagrendjének lovagparancsnoka :1889-ben I. Umberto olasz király az Olasz Korona Lovagrend lovagparancsnoka címmel tüntette ki Flaglert. Ezt a rangos kitüntetést floridai turizmus fejlesztéséhez való hozzájárulása elismeréseként adományozták neki.
2. A Becsület légiója :Flagler 1904-ben megkapta a Becsületlégió kitüntetést, amely a legmagasabb kitüntetés, amelyet Franciaország kormánya adományozott. Ezt a kitüntetést Flagler a szállodaiparban elért eredményeiért és a francia Riviéra fejlődéséhez való hozzájárulásáért kapta.
3. A Roosevelt-érem :1915-ben Flagler megkapta a Roosevelt-érmet a Nemzeti Polgári Föderációtól, egy rangos szervezettől, amely a társadalmi és gazdasági reformok előmozdítása iránt elkötelezett. Az érmet Flagler víziója, vezetése és emberbaráti tevékenysége elismeréseként ítélték oda.
4. Tiszteletbeli oklevelek :Flaglert több oktatási intézmény is elismerte teljesítményéért. Tiszteletbeli diplomát kapott többek között a Stetson Egyetemen, a Rollins College-on és a Floridai Egyetemen. Ezek a diplomák elismerték az oktatáshoz való hozzájárulását és a tudás fejlesztése iránti elkötelezettségét.
5. Polgári és közösségi kitüntetések :Ezeken a formális díjakon kívül Flaglert különböző civil és közösségi szervezetek is kitüntették élete során. Számos plakettet, oklevelet és állásfoglalást kapott, amelyek elismerik Florida különböző régióinak növekedéséhez és fejlődéséhez való hozzájárulását.
Ezek a díjak és kitüntetések azt a nagy megbecsülést tükrözik, amelyben Flaglert élete során viselték. Széles körben elismerték látnoki szellemét, Florida idegenforgalmi ágazatának felépítése iránti elkötelezettségét és jótékonysági törekvéseit, amelyek tartós hatást hagytak az államra.