Morrison halála Párizsban, Franciaországban történt, ahol élettársával, Pamela Coursonnal élt. 1971. július 2-án Morrisont Courson eszméletlenül találta a lakása fürdőkádjában. A nő segítséget kért, Morrisont pedig kórházba szállították, ahol kiérkezéskor meghalt.
A Morrison halálához vezető pontos körülményeket soha nem sikerült teljesen tisztázni. Egyes források azt állítják, hogy kábítószer-túladagolás következtében halt meg, míg mások szerint szívinfarktusban vagy több tényező kombinációjában szenvedhetett. A boncolási jelentés szerint Morrison nagy mennyiségű alkoholt és heroint fogyasztott halála előtt.
Morrison halálával kapcsolatos elméletek a mai napig keringenek, és ez továbbra is a rockzene történetének egyik legmaradandóbb rejtélye. Morrison korai halála ilyen fiatalon tovább növelte ikonikus státuszát, és a rock and roll világát gyakran kísérő túlzások és tragédiák szimbólumává tette.