A háború alatt Yahiko, Nagato és Konan szemtanúi voltak a háború borzalmainak, és úgy döntöttek, hogy egy napon háború és fájdalom nélküli világot teremtenek. Megalakították az Akatsukit, egy olyan szervezetet, amely a béke elérésére törekszik minden szükséges eszközzel.
Kezdetben az Akatsuki egy kis szervezet volt, amely a háború által sújtott kis falvak és országok megsegítésére összpontosított. A szervezet hatalmának és befolyásának növekedésével azonban felkeltette a nagyobb shinobi falvak figyelmét. A falvak fenyegetésként kezdték látni az Akatsukit, és felléptek a szervezet ellen.
A falvak nyomásának hatására az Akatsukik megváltozni kezdtek. Militarizáltabbá vált, és a béke megszerzése helyett a hatalom megszerzésére kezdett összpontosítani. A szervezet S-rangú bûnözõket kezdett toborozni, módszereit pedig egyre kíméletlenebbé vált.
Végül az Akatsukit Naruto Uzumaki és barátai legyőzték, tagjai pedig szétszóródtak a világban. Az Akatsuki öröksége azonban továbbra is él, és továbbra is a szélsőséges veszélyek szimbóluma.