A csúcspont: Az X-Men szövetségeseikkel együtt szembeszáll Sebastian Shaw-val és mutáns gazembereiből álló csapatával a végső leszámolásban egy nukleáris tengeralattjáró fedélzetén. Erik Lehnsherr (Magneto) kezdetben bosszút akar állni a mutánsok ellen elkövetett atrocitásokért, és azzal fenyegetőzik, hogy a tengeralattjáró nukleáris rakétáit felhasználja a világ elpusztítására.
A fordulópont: Charles Xavier (X. professzor) közbelép, Erik emberségére apellálva, és emlékezteti őt, hogy igazi céljuk a mutánsok védelme, nem pedig az emberiség elpusztítása. A két barát kapcsolatának ez a pillanata megfordítja a csata menetét.
A győzelem: Az X-Mennek Moira MacTaggert segítségével sikerül leszerelni a rakétákat, és legyőzni Shaw-t és csapatát.
A keserédes befejezés: Bár ideiglenes győzelmet arattak, a film melankolikus hangon ér véget:
* Erik árulása: Erik, annak ellenére, hogy Charles szavai megingatják, még mindig mélyen megsebezte a mutánsok üldözése, és elindul, hogy megkezdje saját útját, ami egy esetleges jövőbeli konfliktusra utal Charles és az X-Men között.
* Károly bűnössége: Charles szívét összetöri Erik távozása, és saját bűnének terhét cipeli a kubai rakétaválság tragédiája miatt, amelyet tudtán kívül segített elhárítani, de életek ezrei árán.
* Új korszak kezdődik: A film az X-Men megalakulásával ér véget, mint egy csapat, amely az emberek és a mutánsok védelmére törekszik, de a jövővel kapcsolatos bizonytalanság érzésével és az Erik Lehnsherr növekvő haragja által jelentett potenciális veszélyekkel.
A befejezés egy elhúzódó kérdést hagy maga után: Erik és Charles marad az ellentétes oldalon, vagy megtalálják a módját, hogy áthidalják a nézeteltéréseiket? Ez a kérdés megalapozza az X-Men franchise jövőjét.