A Harmadik Shrekben Shrek és Fiona hamarosan szülők lesznek. Mielőtt azonban letelepedhetnének, megzavarja őket egy Messze távoli hírnök. A hírnök tájékoztatja őket, hogy Harold király elhunyt, és hogy Shrek a következő a trónra kerülő sorban.
Shrek nem szívesen vállalja a király szerepét, de végül beleegyezik. Ő, Fiona és Szamár Far Far Away felé indulnak, ahol a polgárok ellenségeskedéssel fogadják őket. Szembe kerülnek Bűbájos herceggel is, aki elhatározza, hogy átveszi magának a királyságot.
Barátai segítségével Shrek képes legyőzni Charming herceget és megmenteni a királyságot. Azt is megtanulja, hogy jó apa, és képes jó király lenni.
A fő sztorivonalon kívül a Harmadik Shrek számos mellékszálat is tartalmaz. Ezek a részcselekmények magukban foglalják Szamár és Csizmás Puss kalandjait, valamint a Gonosz Boszorkány próbálkozásait, hogy újraélesztje férjét, Lord Farquadot.
A Shrek, a harmadik egy szórakoztató és szórakoztató film, amely biztosan elnyeri a Shrek sorozat rajongóit. Ez a történet a családról, a barátságról és az önmagunkhoz való hűség fontosságáról szól.