Ehelyett a partnered, Pokémon melletted lesz a kalandod során, melletted harcol, és segít leküzdeni az akadályokat. A közös tapasztalatok és a csapatmunka révén köteléket alakít ki partnerével.
Ha érdekelnek a bonyolultabb partnerinterakciókat és kapcsolatépítést kínáló játékok, érdemes megfontolni a későbbi Pokémon Mystery Dungeon játékokat, mint például a Pokémon Mystery Dungeon:Explorers of Time/Darkness/Sky vagy a Pokémon Mystery Dungeon:Super Mystery Dungeon . Ezek a játékok speciális területeket tartalmaznak, ahol időt tölthetsz a partnereddel, részt vehetsz minijátékokban, és láthatod, ahogy egyre közelebb kerülnek hozzád.