A Wonder Card használatakor egy speciális menü nyílik meg, ahol a játékosok kiválaszthatják az eseményt vagy a rejtélyes ajándékot, amelyhez hozzá szeretnének férni. Az események tartalmazhatnak speciális Pokémon-kiosztásokat vagy kihívásokat, míg a rejtélyes ajándékok tartalmazhatnak tárgyakat, Pokémonokat vagy egyéb jutalmakat.
A Wonder Card használatához a játékosoknak meg kell győződniük arról, hogy a Nintendo DS csatlakozik az internethez, vagy helyi vezeték nélküli kapcsolatot létesítenek. Miután csatlakoztak, kiválaszthatják a Wonder Card-ot a készletükből, és aktiválhatják azt, hogy hozzáférjenek a kapcsolódó eseményhez vagy a rejtélyes ajándékhoz.
Érdemes megjegyezni, hogy a Wonder Cards csak egy meghatározott ideig volt elérhető, és bizonyos eseményekhez vagy disztribúciókhoz. Előfordulhat, hogy egyes Csodakártyák lejártak, vagy már nem elérhetők, ezért mindig érdemes ellenőrizni az esemény részleteit és elérhetőségét, mielőtt megpróbálna egy adott Wonder kártyát használni.