1. Gyűjtsd össze a hét Káosz smaragdot: Ezek szétszórva vannak a játék pályái között, és mindegyikre szükséged van a végső csatához.
2. A játék végén nézz szembe Dark Gaiával: Miután összegyűjtötted mind a hét káoszsmaragdot, szembe kell nézned a Sötét Gaiával a maga valódi formájában, egy hatalmas, többfejű vadállattal.
3. Használd a Chaos Emeralds erejét: A Smaragdok együttes erejét használod a Sötét Gaia megtisztítására. Ez magában foglalja a "Super Sonic" űrlap használatát, amelyet a hét Chaos Emerald összegyűjtésével lehet feloldani.
4. Végezze el a tisztítást: Super Sonic formában hatalmas támadást indíthatsz a Dark Gaia ellen. Ez a támadás nem öli meg a Sötét Gaiát, hanem megtisztítja, visszaállítja az egyensúlyt a világban, és visszaadja eredeti formáját.
A játék története a helyreállítás ötletére összpontosít nem pedig egyenesen gyilkolni. A Dark Gaia, bár pusztító, végső soron a világ egyensúlyának része, és a cél az, hogy visszahelyezze az őt megillető helyre.