A dal a következő sorokkal kezdődik:"Nézd a csillagokat, nézd, hogyan ragyognak neked / És minden, amit csinálsz", ami a csodálkozás érzését és az élet szépsége iránti elismerést sugallja. A hangulat azonban gyorsan átmegy a melankolikus hangulatba, ahogy az énekesnő az idő múlására reflektál:"Ketyeg az óra, elmegy / És lemegy a nap, és jön az éjszaka."
A refrén kifejezi a múlt utáni sóvárgást és a vágyat, hogy megőrizzük a dédelgetett pillanatokat:„Úgy érzem, lángokban áll, minden lángokban áll / felkelni, kijutni, hazajutni / bárhol is van.” Az énekesnő arra vágyik, hogy elmeneküljön az idő könyörtelen előremenetelétől, és visszatérjen egy egyszerűbb, boldogabb időbe.
A második versszak az élet értelmének keresésének témáját járja körül:"Olyat keresek, amit nem találok / És mindenbe kapaszkodom, amit tudok / Hogy feljussak a hegy tetejére, érd el a a hegy / És úgy érzem, hogy belefulladok a tengerbe." Az énekes elveszettnek és sodródónak érzi magát, kétségbeesetten keres valamit, amihez ragaszkodhat egy elsöprőnek és bizonytalannak tűnő világban.
A híd felcsillan a remény, az énekesnő kifejezi vágyát, hogy kapcsolatba kerüljön másokkal, és megnyugvást találjon jelenlétükben:"Itt akarlak, a közeledben akarlak / most köréd akarlak karolni." Ez azt sugallja, hogy az emberi kapcsolatok után vágyakoznak, és szükség van támogatásra és társaságra az élet kihívásaival szemben.
A dal a „Nézd meg a csillagokat, nézd, hogyan ragyognak neked” ismételt refrénjével zárul, a kezdősorokat visszhangozva, de az elfogadás és a megértés újdonsült érzésével. Úgy tűnik, az énekes megbékélt az idő múlásával és az élet mulandóságával, vigaszt talált az éjszakai égbolt szépségében és a csillagok tartós jelenlétében.
Összességében a "Clocks" egy megrendítő és elmélkedő dal a veszteség, a vágyakozás és az élet értelmének keresése egyetemes emberi tapasztalatairól. Megragadja a létezés keserédességét, elismeri az idő múlásának fájdalmát és sajnálatát, miközben az életút szépségét és csodáját is ünnepli.