* A hübrisz veszélyei: Az Elric fivérek arra irányuló kísérlete, hogy alkímiát alkalmazzanak anyjuk újjáélesztésére, saját megcsonkításukhoz vezet, rávilágítva az ellenőrizetlen ambíciók lehetséges veszélyeire, és a tudásra törekedni anélkül, hogy megértenék annak teljes következményeit.
* Az igazság keresése: A sorozat az igazság természetét kutatja, és azt, hogyan lehet eltorzítani vagy manipulálni, különösen a katonai és az Állami Alkimista program keretében.
* Az emberi kapcsolatok és az empátia fontossága: A sorozat az emberi kapcsolatok értékét hangsúlyozza, és azt, hogy ezek hogyan segíthetnek az egyéneknek eligazodni saját tapasztalataik összetettségei között. Ez nyilvánvaló az Elric fivérek közötti erős kötelékekben, valamint az utazásuk során kialakult különféle kapcsolatokban.
* A tudományos haladás etikai vonatkozásai: A Fullmetal Alchemist az olyan erős technológiák, mint az alkímia és a visszaélés lehetőségével támasztott etikai dilemmákkal küzd. Arra ösztönzi a hallgatóságot, hogy mérlegelje a tudással és annak alkalmazásaival járó felelősséget.
Végső soron a sorozat azt sugallja, hogy bár a tudásra való törekvés értékes, egyensúlyban kell lennie bölcsességgel, empátiával, valamint a világra és a körülöttünk lévőkre gyakorolt lehetséges hatásának mély megértésével.