* CGI: A 3D környezetek, karakterek és speciális effektusok többségét szoftverek kombinációjával hozták létre. A legjelentősebbek közül néhány:
* Maya: A széles körben a 3D-s animáció és modellezés iparági szabványának számító Maya valószínűleg jelentős szerepet játszott a film bonyolult környezetének és karaktereinek megalkotásában.
* Softimage: Egy másik hatékony 3D-s animációs szoftvert, a Softimage-et robusztus karakteranimációs eszközei és kötélzeti képességei miatt használták.
* ZBrush: A digitális szobrászati képességeiről ismert ZBrush-t valószínűleg a karakterek nagy felbontású modelljeinek faragására és részletezésére használták.
* Hagyományos animáció: A film a hagyományos animáció elemeit is integrálta, különösen azoknál a képsoroknál, ahol kifejezőbb és kézzel rajzolt stílusra volt szükség. Ez valószínűleg olyan szoftvereket tartalmazott, mint:
* Toon Boom Harmony: Egy népszerű 2D-s animációs szoftver, amely lehetővé teszi a hagyományos és a digitális animációs technikák keverékét.
Fontos megjegyezni, hogy: Az „Alice Csodaországban”-hoz használt speciális szoftver nincs kifejezetten részletezve a produkciós kreditekben. Ezeket az információkat általában a stúdió és a filmkészítők tulajdonának tekintik.
Tekintettel azonban a szoftver népszerűségére és képességeire a VFX iparágon belül, ésszerű feltételezés, hogy az említett eszközök jelentős szerepet játszottak a film fantasztikus világának életre keltésében.