- Erkölcs és hasznosság (1891):Ebben a könyvben Thomson azzal érvel, hogy az erkölcs a hasznosságon, vagyis a boldogság maximalizálásának és a fájdalom minimalizálásának elvén alapul. Ezt az álláspontot védi a különféle kritikákkal szemben, többek között azzal a váddal szemben, hogy ez egoizmushoz vezet, és nem tudja megmagyarázni bizonyos cselekedetek erkölcsi jelentőségét.
- A jog haszonelvű elmélete (1893):Ebben a művében Thomson a hasznosság elvét alkalmazza a jogfilozófiára. Amellett érvel, hogy a törvényt úgy kell megalkotni, hogy a legtöbb ember legnagyobb boldogságát segítse elő, és ezt az elvet kell alkalmazni a jogi szabályok és döntések értelmezésére és értékelésére.
- Politikai etika (1895):Ebben a könyvben Thomson a politikai intézmények etikai alapjait tárgyalja. Amellett érvel, hogy az állam az emberi jólét elősegítésének eszközeként indokolt, és az a legjobb kormányzati forma, amelyik ezt a célt a leghatékonyabban éri el.
- A gonosz problémája (1910):Ebben a művében Thomson azzal a kérdéssel foglalkozik, hogy miért van gonosz a világon, ha Isten létezik. Azt állítja, hogy a gonosz nem összeegyeztethetetlen a jóindulatú Isten létezésével, és a szabad akarat elvével és az emberi lények véges természetével magyarázható.
- Az ókori filozófia története (1921):Ez a könyv átfogó áttekintést nyújt a filozófia történetéről az ókori görögöktől a középkorig. Thomson ennek az időszaknak a fő filozófusait és filozófiai irányzatait tárgyalja, és elemzi hozzájárulásukat a filozófiához.
Ez csak néhány a Francis Paul Thompson által írt munkák közül. Termékeny író volt, művei jelentős hatással voltak az erkölcsi és politikai filozófia fejlődésére.