A Gyilkosság az Orient Expresszen az identitás témájával és annak összetettségével foglalkozik. A regény több, különböző hátterű, kultúrájú és napirendű szereplőt mutat be, mindegyik rejtett identitást rejt, vagy titkokat hordoz magában. Poirot-nak, a nyomozónak a felszínen túlra kell tekintenie, hogy meghatározza az utasok valódi jellemét és motivációit.
Az igazságosság témája is jelentős szerepet játszik a történetben. Poirot nemcsak a bűncselekmény megoldására törekszik, hanem az igazságszolgáltatásra is. Az utasok etikai dilemmával szembesülnek, amikor összejönnek, hogy eldöntsék a gyilkos sorsát. El kell dönteniük, hogy szigorú jogi eljárásokat követnek-e, vagy saját kezükbe veszik-e a dolgokat, hogy elérjék az általuk szükségesnek tartott igazságérzetet.
A regény érdekes kérdéseket vet fel az emberi identitás összetettségéről, az erkölcs kétértelműségéről, valamint az igazság és tisztesség kereséséről.