A kínzókamra a torony alagsorában volt, és kis, sötét cellákból állt. Minden cellát különféle kínzóeszközökkel szereltek fel, köztük fogasléceket, ostort és hüvelykujjcsavarokat. A foglyokat gyakran meztelenre vetkőztették, és többórás kínzásnak vetették alá, hogy vallomásokat vagy információkat szerezzenek ki vallási meggyőződésükről.
A Torre de la Inquisiciónban használt kínzási módszerek közül néhány:
- Az állvány: A foglyot egy fakerethez kötözték, és addig feszítették, amíg ízületeik elmozdultak.
- Az ostor: A foglyot bőrből vagy fémrudakból készült ostorral korbácsolták.
- A szárnyas csavarok: A fogoly hüvelykujját két fémcsavar között zúzták össze.
- A vízkúra: A rabot kénytelen volt nagy mennyiségű vizet inni, amíg ki nem hányt vagy megfulladt.
- A tűz: A foglyot forró szénnel vagy fáklyával elégették.
A Torre de la Inquisición brutális és félelmetes hely volt, és az ott megkínzott rabok közül sok belehalt sérüléseibe. A kínzókamrát végül a 18. században bezárták, de továbbra is a spanyol inkvizíció sötét történetének dermesztő emlékeztetője.