Erőteljes hatásai ellenére a Blue-Eyes Shining Dragonnak van néhány gyengesége, amelyekkel tisztában kell lenni:
Tribute Summoning: A Blue-Eyes Shining Dragonhoz két Tribute to Summon szükséges, ami jelentős költséget jelenthet, főleg ha nincsenek a pályán a szükséges szörnyek.
Eltávolítási hatások: A Blue-Eyes Shining Dragon sebezhető az olyan eltávolítási hatásokkal szemben, mint például a „Dark Hole” vagy a „Raigeki” kártyák hatásai. Ha nem tudod megvédeni ezektől a hatásoktól, elveszítheted a Sárkányodat, mielőtt használni tudnád a hatásait.
Negációs effektusok: A Blue-Eyes Shining Dragon hatásait le lehet tagadni olyan kártyákkal, mint az "Ünnepélyes ítélet" vagy az "Effect Veiler". Ha ellenfeled meg tudja tagadni a hatásait, akkor elveszíted az általa nyújtott hatalmas előnyöket.
Speciális számlálók: Vannak olyan kártyák, amelyeket kifejezetten a Blue-Eyes Shining Dragon elleni küzdelemre terveztek. Például a "Galaxy Cyclone" száműzheti a Blue-Eyes Shining Dragon-t a mezőről, a "Red-Eyes Darkness Metal Dragon" pedig hatástalaníthatja és elpusztíthatja a csatában.
Korlátozott támogatás: Míg a Blue-Eyes Shining Dragon önmagában is erős kártya, nincs akkora támogatása, mint néhány más Sárkányszörnynek. Ez azt jelenti, hogy nehézségekbe ütközhet egy olyan pakli felépítése, amely folyamatosan meg tudja idézni és megvédeni.
Ha megérted a Blue-Eyes Shining Dragon gyengeségeit, jobban felkészülhetsz a csatában való szembenézésre, és minimalizálhatod a játékra gyakorolt hatását.