- Kísérleti módszerei nem voltak mindig szigorúak. Néha anekdotikus bizonyítékokra támaszkodott, és nem mindig irányította a változókat. Ez oda vezetett, hogy egyes következtetései tévesek voltak.
- Néha túl gyors volt ahhoz, hogy általánosítson kísérletei alapján. Gyakran elsöprő kijelentéseket tett korlátozott számú megfigyelés alapján. Ez oda vezetett, hogy egyes elméleteit túlságosan leegyszerűsítették.
- Nem volt mindig nyitott az új ötletekre. Néha ellenállt az új elméleteknek, amelyek ellentmondtak az övéinek. Ez megakadályozta abban, hogy néhány fontos felfedezést tegyen.
E gyengeségek ellenére Robert Boyle zseniális tudós volt, aki jelentős mértékben hozzájárult a tudományhoz. Munkája hozzájárult a modern kémia és fizika megalapozásához.